Начиная с Ubuntu 11.10 некоторые программы, которые раньше висели в трее(область уведомлений) бдольше там не видны. Например Skype так же не отображается по умолчанию , так же и Pidgin. Что бы все вернуть к прежнему виду нужно в терминале выполнить:
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['all']"
Разрешает отображать в трее любую программу.
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "[ здесь_ваш_предыдущий_список, 'pidgin']"разрешить только некоторые программы.
В Ubuntu 13.04, 13.10 и выше нужно установить следующий пакет, после чего перезапустить приложение, например Skype
sudo apt-get install sni-qt:i386